เมื่อเทียบกับรถยนต์ทั่วไป รถยนต์เซลล์เชื้อเพลิงมีข้อดีดังต่อไปนี้

1. การปล่อยมลพิษเป็นศูนย์หรือการปล่อยมลพิษใกล้เป็นศูนย์

2. ลดมลพิษทางน้ำที่เกิดจากน้ำมันรั่ว

3. ลดการปล่อยก๊าซเรือนกระจก

4. ปรับปรุงการประหยัดน้ำมันเชื้อเพลิง

5. ปรับปรุงประสิทธิภาพการเผาไหม้ของเครื่องยนต์

6. การทำงานที่ราบรื่นและไม่มีเสียงรบกวน